Durante la época colonial, los españoles también dominaron la región de Huarochirí dando origen a una nueva etapa con capítulos únicos de su historia que permite ver como los nativos huarochiranos organizados en ayllus experimentan una vida de aflicciones. Los españoles introducen el ritual Católico y la lengua española, un conflicto con el culto a las Huacas y la lengua quechua o el dialecto cauque. Durante esta época se construyó la iglesia de Santa Maria Jesús de Huarochirí con la mano de obra principal de los trabajadores de los cuatro ayllus. De acuerdo al modo o forma de trabajar, los españoles les dieron un sobrenombre a cada ayllu. A Cajahuaman hoy Suni Perros, a Cushpampa hoy Llambilla Gusanos, a Hualashcoto hoy Lupo Llamas y a Chuycoto hoy Huarochirí Puercos. En el transcurso del Virreinato, los Jesuitas habían establecido un importante centro prehispánico de culto que fue escenario de la más intensa campaña de extirpación de idolatría, llevada a cabo por Francisco de Ávila. Desde Cuzco, Blas "el mestizo" por pensamientos de Ignacio Loyola hace sus críticas abiertas frente a los abusos cometidos por el régimen colonial hispano, donde resultan los Jesuitas bajo presión política, siendo amenazados de su expulsión del Virreinato Peruano. Como sabemos, la opresión, la esclavitud no puede durar siempre. Un pueblo, por más débil e impotente que se sienta termina por declararse en rebeldía.

Durante el proceso de la independencia del Perú, los nativos huarochiranos respondieron a ese llamado por la libertad y lucharon contra aquella cultura opresora. Varios huarochiranos participaron en movimientos revelándose contra corregidores españoles. En 1750, Francisco Inka se revela en el pueblo de Lahuaytambo por las causas sociales, económicas y políticas dando un asalto y toma de Huarochirí con la captura del Corregidor Villa de Moros dándole la máxima pena de muerte. Con la esperanza de ser libres, el resultado fue que Francisco Inka pagó con su propia vida patriótica, dando luz y fortaleza para traducirse en unos de los gritos de independencia del Perú. Después de la ejecución del Inca Tupac Amaru en 1781, se cree que su hermano Felipe Amaru se escondió en Huarochirí. En 1783, cuando en Lima había sucedido la ejecución de Don Felipe Amaru, el cacique jefe del clan de los indios de Huarochirí. En Lima los huarochiranos también formaron parte de grupos nacionalistas pequeños apoyando el ingreso de San Martín a la ciudad virreinal, haciendo posible la huida del Virrey hacia la sierra el 21 de Julio de 1821. Luego de la creación política del departamento de Lima con 5 provincias, la ciudad de Huarochirí queda como capital de la provincia del mismo nombre con 11 distritos en el 4 de Agosto de 1821, hasta años después cuando Matucana es designado capital.

En la guerra del Pacifico, después que las tropas chilenas llegan a Huarochirí, donde también hubo abusos contra las mujeres y saqueos del patrimonio religioso. Para prevenir los saqueos de artefactos de la Iglesia, los hombres y mujeres escondieron el Santo Sepulcro junto con sus andas, tallada de madera, en una quebrada llamada "La Toca". Esto explicaba el estado de las andas un poco descalibrado cuando se usaba una vez al año para salir en procesión en el día de "Viernes Santo". Por el cual los huarochiranos apoyaron al General Andrés A. Cáceres en la campaña de adquirir recursos en la sierra central para enfrentar a esas tropas invasoras. Esos esfuerzos heroicos ocupan un lugar de honor en el altar de la patria como "Los Héroes de la Breña". En gratitud a esos sacrificios y para dar honra a aquellos héroes, un grupo de huarochiranios organizaron y formaron el "Club Héroes de la Breña", el 19 de Marzo de 1911, convirtiéndose en el club más antiguo en la provincia.

Huarochirí es la cuna natal del hombre, del científico y del sabio Julio C. Tello, porque en el se enaltece la figura del gran arqueólogo e historiador que transforma su fama mundial dando renombre a la provincia y al Perú entero. Sinembargo, con el paso del tiempo ha quedado demostrado que Huarochirí resulta particularmente interesante, con los cambios logró una singular armonía desde la tierra de "Magos" a la tierra natal de Tello, y como llega desarrollar entre el arte de la música y de los maestros profesionales.